Строительство первого кладбищенского храма Пятигорска началось в конце 1840-х годов. В 1828 году архимандрит Товия совершил молебен по случаю закладки церкви. Первый камень положил сам командующий Кавказской линией генерал Еммануель. Церковь представляла собой форму куба, на высоком цокольном фундаменте. Из-за плохого грунта постройка дала трещины и к 1884 году ее пришлось разобрать. В 1895 году был заложен фундамент церкви. Контроль за строительством церкви осуществлял городской архитектор Василий Васильевич Графф, он же был и автором проекта. К концу 1902 года кладбищенская церковь была возведена, а в начале 1903 года закончена отделка иконостаса и алтаря. Лазаревская церковь имеет форму креста, южный и северный рукава креста значительно короче западного и алтарного.